Aquela a que a lei instituidora conferir privilégios específicos e aumentar a sua autonomia comparativamente com as autarquias comuns. São autarquias de regime especial, entre outras: Banco Central do Brasil (Lei nº 4559/64), Comissão Nacional de Energia Nuclear (Lei nº 4118/62) e Universidade de São Paulo (Decreto-Lei nº 13855/44).